實驗室的主要研究方向為：漁業(yè)資源養(yǎng)護與可持續(xù)利用、漁業(yè)生態(tài)環(huán)境與生態(tài)調(diào)控、水產(chǎn)健康養(yǎng)殖與產(chǎn)物資源利用、海洋漁業(yè)種質(zhì)資源與利用。

1、漁業(yè)資源養(yǎng)護與可持續(xù)利用
    開展南海漁業(yè)資源調(diào)查評估技術研究，建立漁業(yè)資源監(jiān)測評估體系；研究漁業(yè)資源增殖與海洋牧場構建技術，綜合評價漁業(yè)資源增殖效果和生態(tài)安全性；開展水生野生動物保護生物學及保護技術研究，建立保護、恢復和增殖瀕危水生野生動物技術體系；研究南海漁業(yè)生態(tài)系統(tǒng)在自然環(huán)境和人類活動影響下的變動過程和機制，建立漁業(yè)資源可持續(xù)利用及管理技術體系。

2、漁業(yè)生態(tài)環(huán)境保護與生態(tài)調(diào)控
    開展南海漁業(yè)生態(tài)環(huán)境監(jiān)測與評價、漁業(yè)環(huán)境污染生態(tài)與污染效應、水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境容量、污染調(diào)控與修復、水生生物多樣性保護技術研究，重點研究人工合成化學物質(zhì)、漁用藥物對漁業(yè)生態(tài)環(huán)境和水生經(jīng)濟種類的影響效應，典型淺海網(wǎng)箱養(yǎng)殖漁場與養(yǎng)殖池塘環(huán)境污染機制，增養(yǎng)殖水域環(huán)境容量、養(yǎng)殖容量、污染調(diào)控及修復技術，典型濕地生態(tài)系統(tǒng)的組成與結構、功能及其評價以及人類活動對漁業(yè)生態(tài)系統(tǒng)的影響，為漁業(yè)生態(tài)安全提供技術支撐。

3、海水健康高效養(yǎng)殖
    開展池塘與淺海灘涂養(yǎng)殖技術研究，優(yōu)化養(yǎng)殖生態(tài)調(diào)控技術，創(chuàng)新海水池塘及灘涂工程化養(yǎng)殖技術；研究設施養(yǎng)殖裝備工程技術、海洋捕撈技術以及陸基工程化養(yǎng)殖控制技術，建立南方漁業(yè)工程與設施養(yǎng)殖技術體系；開展重要養(yǎng)殖品種重大疫病防控技術研究，構建重大疫病監(jiān)測預警系統(tǒng)和控制海水養(yǎng)殖動物重大病害的綜合調(diào)控防治技術體系；開展高效無公害飼料配置技術、動物性飼料源替代技術以及主要養(yǎng)殖對象的高效飼料營養(yǎng)調(diào)節(jié)機制研究，建立健康高效水產(chǎn)飼料配置及投喂技術。

4、漁業(yè)種質(zhì)資源保護與利用
    收集和保存不同地理群體熱帶亞熱帶海洋生物活體種質(zhì)資源，系統(tǒng)評價其種質(zhì)特性，建立具有豐富遺傳多樣性的活體種質(zhì)資源庫；采用群體選育、家系選育、多性狀復合育種技術及全基因組選擇育種等技術，針對熱帶亞熱帶海域主養(yǎng)品種斑節(jié)對蝦、卵形鯧鲹、珍珠貝等開展遺傳選育研究，獲得具有優(yōu)良性狀的新品種；開展重要經(jīng)濟價值的熱帶亞熱帶海洋生物繁殖生理、發(fā)育生物學和養(yǎng)殖技術研究，突破苗種規(guī)?；庇夹g，開發(fā)養(yǎng)殖新品種；利用基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學和表觀遺傳學等技術，開展熱帶亞熱帶海洋生物主養(yǎng)品種斑節(jié)對蝦、珍珠貝和卵形鯧鲹等功能基因發(fā)掘和利用研究，建立高密度遺傳連鎖圖譜，為分子標記輔助育種提供技術支撐。