(1) 海洋漁業(yè)資源與生態(tài)環(huán)境研究方面
    開展海洋漁業(yè)生物學(xué)基礎(chǔ)及資源評估：對南海漁業(yè)資源進行調(diào)查與觀測，收集整理漁業(yè)統(tǒng)計資料，采集挖掘資源信息，測定漁業(yè)生物樣品基礎(chǔ)生物學(xué)特征，弄清南海漁業(yè)資源變動規(guī)律和趨勢，評價對南海漁業(yè)資源開發(fā)利用現(xiàn)狀，提出漁業(yè)資源利用管理對策建議。
    開展海洋生態(tài)系統(tǒng)動力學(xué)研究：監(jiān)測海洋環(huán)境現(xiàn)狀，進行海上調(diào)查與現(xiàn)場實驗，結(jié)合歷史監(jiān)測數(shù)據(jù)，分析南海海洋環(huán)境變動規(guī)律和驅(qū)動機制，構(gòu)建海洋生態(tài)系統(tǒng)動力學(xué)模型，預(yù)測海洋環(huán)境演變趨勢；構(gòu)建南海海洋生態(tài)系統(tǒng)健康評價指標(biāo)體系，建立海洋生態(tài)經(jīng)濟健康評價信息系統(tǒng)，提出海洋生態(tài)環(huán)境系統(tǒng)管理、保護對策，為海洋生態(tài)資源可持續(xù)發(fā)展提供科學(xué)依據(jù)。
    開展?jié)O業(yè)資源養(yǎng)護研究：研究南海近海重要漁業(yè)資源變動的機制，弄清資源衰退的關(guān)鍵過程和受控因素；在此基礎(chǔ)上針對影響近海漁業(yè)資源的因素，研究人工棲息地生境營造技術(shù)（人工魚礁和海洋牧場建設(shè)等）促進漁業(yè)資源增殖；研究增殖放流技術(shù)促進近海漁業(yè)資源種群恢復(fù)。
    開展生態(tài)修復(fù)方面：研究高強度人類活動對近海生態(tài)環(huán)境的影響，弄清典型生態(tài)功能區(qū)退化過程與恢復(fù)機制，研究目標(biāo)海域的環(huán)境容量及其生態(tài)承載力，建立典型海域適宜養(yǎng)殖容量；選取人類活動頻繁的典型海域，針對富營養(yǎng)化污染問題，構(gòu)建基于大型海藻、濾食性貝類、食腐性生物和微生物的多營養(yǎng)層次綜合修復(fù)技術(shù)；研究環(huán)境污染物對漁業(yè)資源進化及多樣性的影響；整合以上研究成果構(gòu)建典型海域生態(tài)修復(fù)技術(shù)體系。

(2) 海洋生物種質(zhì)資源與重要性狀遺傳改良研究方面
    開展海洋生物種質(zhì)鑒定與保存研究：系統(tǒng)收集南海海洋生物種質(zhì)資源，保存重要海洋生物精子、細胞系以及胚胎資源，優(yōu)化保存技術(shù)，建立相關(guān)評價體系；針對重要海洋生物活體種質(zhì)資源，結(jié)合入庫保存、 企業(yè)合作、繁育更新等方式，建立科學(xué)、合理的保存方式和管理機制，以保證活體種質(zhì)資源保存系統(tǒng)性和延續(xù)性。建立海洋生物種質(zhì)資源鑒定技術(shù)體系，優(yōu)化鑒定技術(shù)，建立海洋生物生物種質(zhì)資源評價技術(shù)體系。
    開展海洋生物基因組學(xué)研究：應(yīng)用全基因組序列分析和轉(zhuǎn)錄組序列分析技術(shù)開展海洋生物種質(zhì)資源基因組結(jié)構(gòu)與功能研究。建立基因組組裝技術(shù)、基因組SNP篩選、比較基因組分析技術(shù)、進化基因組分析技術(shù)、基因預(yù)測分析技術(shù)等全基因組序列分析技術(shù)，構(gòu)建基因組數(shù)據(jù)庫；開展轉(zhuǎn)錄組裝配技術(shù)、基因注釋、比對分析、基因功能分析、轉(zhuǎn)錄組SNP篩選以及表達譜與性狀關(guān)聯(lián)分析等轉(zhuǎn)錄組序列分析技術(shù)研究，建設(shè)重要海洋生物轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫；建立重要海洋生物遺傳性別鑒定和性別控制技術(shù)，系統(tǒng)收集重要海洋生物基因資源，建立相關(guān)的評價與觀測體系
    開展海洋生物育種理論與技術(shù)研究：系統(tǒng)收集重要海洋生物育種材料，采用雙列雜交群體或家系構(gòu)建育種群體，測定其重要經(jīng)濟性狀指標(biāo)，利用性狀數(shù)量遺傳評價經(jīng)濟性狀育種性能，解析性狀遺傳機制，創(chuàng)新海洋生物育種理論，建立海洋生物良種培育技術(shù)。
    開展海水養(yǎng)殖生物新品種培育技術(shù)研究：針對重要南海海洋生物種質(zhì)資源，在種質(zhì)資源的評價基礎(chǔ)上，以重要生長、免疫性狀為選育指標(biāo)，采用雜交選育、群體選育等傳統(tǒng)選育技術(shù)與細胞工程育種、多性狀復(fù)合育種以及分析標(biāo)記輔助育種等現(xiàn)代選育技術(shù)相結(jié)合，開展重要海水養(yǎng)殖生物新品種培育，建立相關(guān)育種技術(shù)體系，評價新品種生產(chǎn)性能，進一步進行新品種養(yǎng)殖推廣示范。

(3) 海水養(yǎng)殖生物疾病控制研究方面
    開展海水養(yǎng)殖生物流行病學(xué)研究：通過對南海區(qū)養(yǎng)殖生物的病害及主要疫病的調(diào)查與監(jiān)測，研究疾病/疫病傳播媒介和方式，研究疾病/疫病的流行生態(tài)機制，建立其流行和擴散的風(fēng)險分析模型，并在此基礎(chǔ)上研發(fā)疾病的診斷技術(shù)，流行病的監(jiān)測模式以及病原的檢測技術(shù)等。
    開展海水養(yǎng)殖生物病原生物學(xué)研究：對已分離純化的病原，通過對其毒力因子的克隆、敲除及重構(gòu)的研究積極對其在宿主內(nèi)逃逸免疫監(jiān)視的研究，探討病原的致病機制；通過對海水養(yǎng)殖相關(guān)微生物群落調(diào)查，研究病害發(fā)生的微生態(tài)學(xué)，開發(fā)海水養(yǎng)殖動物健康微生物學(xué)調(diào)控技術(shù)；通過對病原多樣性研究，尋找共性免疫原，開發(fā)疫苗防治技術(shù)。
    開展海水養(yǎng)殖動物免疫學(xué)研究：通過研究養(yǎng)殖動物的免疫機制，研究宿主對病原的分子識別機制、清除機制，以及病原誘導(dǎo)的宿主的免疫信號通路及效應(yīng)分子，研究開發(fā)具有較高免疫保護力的疫苗；篩選可提高養(yǎng)殖生物免疫力的增強劑，并建立科學(xué)的使用方式；體外重組養(yǎng)殖生物的效應(yīng)分子并探討其用于疾病防治的可行性。
    開展海水養(yǎng)殖生物疾病防控理論與技術(shù)研究：通過對疾病發(fā)生及流行的風(fēng)險分析，研究疾病發(fā)生的關(guān)鍵控制點，建立海水養(yǎng)殖生物疾病預(yù)警技術(shù)體系；通過對現(xiàn)有藥物的藥代動力學(xué)、藥效學(xué)、耐藥性分析的深入研究，弄清藥物在不同養(yǎng)殖生物體內(nèi)的作用原理及轉(zhuǎn)歸途徑，建立藥物安全使用技術(shù)；對中草藥進行篩選，分析其防病治病有效成分，探討其作用原理并建立中草藥使用及安全評價標(biāo)準。

(4) 海水健康養(yǎng)養(yǎng)殖技術(shù)與生態(tài)漁業(yè)研究方面
    開展海水增養(yǎng)殖的生物學(xué)與生態(tài)學(xué)基礎(chǔ)研究：結(jié)合熱帶亞熱帶海水養(yǎng)殖區(qū)域特點，應(yīng)用繁殖生物學(xué)、發(fā)育生物學(xué)、增養(yǎng)殖生態(tài)學(xué)、生化與生理生態(tài)學(xué)、分子遺傳學(xué)等學(xué)科的研究技術(shù)重點開展熱帶海水增養(yǎng)殖魚類及新品種的繁育基礎(chǔ)、繁育技術(shù)、良種選育和種質(zhì)利用研究，探討?zhàn)B殖品種與環(huán)境的交互作用機制和環(huán)境修復(fù)與調(diào)控措施，構(gòu)建生態(tài)養(yǎng)殖技術(shù)體系并開展示范， 系統(tǒng)建立良種選育技術(shù)體系和良種種質(zhì)鑒定技術(shù)，培育出具有生長快、抗逆能力強的優(yōu)質(zhì)健康苗種，為開發(fā)海水增養(yǎng)殖種質(zhì)資源及規(guī)模化擴繁提供技術(shù)支撐。
    開展海水養(yǎng)殖動物營養(yǎng)與飼料學(xué)研究：通過對飼料蛋白源營養(yǎng)拮抗因子剔除技術(shù)、魚粉替代技術(shù)、氨基酸平衡模式技術(shù)、新型蛋白源開發(fā)技術(shù)、飼料加工工藝優(yōu)化研究技術(shù)的研究，開發(fā)高效環(huán)保低魚粉配合飼料，并在此基礎(chǔ)上進行新型環(huán)保飼料對海水養(yǎng)殖動物營養(yǎng)生理調(diào)控機能的研究和飼料安全性評價。
    開展養(yǎng)殖模式與碳匯漁業(yè)研究：主要研究海水養(yǎng)殖系統(tǒng)生態(tài)和個體生物學(xué)、養(yǎng)殖模式和高效養(yǎng)殖技術(shù)研發(fā)、養(yǎng)殖生態(tài)建模及容量評價、漁業(yè)碳匯評價與擴增技術(shù)。主要研究內(nèi)容包括淺海與灘涂多營養(yǎng)級養(yǎng)殖新模式和高效養(yǎng)殖技術(shù)研究與應(yīng)用；海水池塘多營養(yǎng)級養(yǎng)殖新模式和高效養(yǎng)殖技術(shù)研究與應(yīng)用；典型養(yǎng)殖生態(tài)系統(tǒng)建模、養(yǎng)殖容量及碳匯評價研究；熱帶海水特色經(jīng)濟品種的養(yǎng)殖技術(shù)研發(fā)。
    開展?jié)O業(yè)裝備與工程研究：根據(jù)海水健康養(yǎng)養(yǎng)殖所涉及的陸基循環(huán)水養(yǎng)殖、灘涂池塘養(yǎng)殖和深水網(wǎng)箱養(yǎng)殖三個方面出發(fā)，對池塘改造升級、裝備研發(fā)以及智能化控制等需求進行研究，力求突出養(yǎng)殖過程的“裝備工程化、技術(shù)現(xiàn)代化、生產(chǎn)工廠化和管理工業(yè)化”，從而服務(wù)于苗種生產(chǎn)和集約化養(yǎng)殖。